دانشجویانی که موفق به قبولی در مقطع کارشناسی‌ارشد شده‌اند، می‌توانند برای ادامه تحصیل دانشگاه علم و فرهنگ را به‌عنوان یکی از گزینه‌های اصلی خود انتخاب کنند. این دانشگاه با برخورداری از ۶ دانشکده تخصصی و ارائه ۵۸ رشته فعال در مقطع کارشناسی‌ارشد، بستری علمی، پژوهشی و کاربردی برای علاقه‌مندان به تحصیلات تکمیلی فراهم کرده است.
رشته‌های فعال در دانشکده‌های مختلف دانشگاه علم و فرهنگ:
• دانشکده هنر و معماری: ۱۰ رشته شامل ادبیات نمایشی، کتاب‌آرایی، ارتباط تصویری، نقاشی، مهندسی معماری، معماری منظر، معماری داخلی، طراحی پارچه و لباس، پژوهش هنر، صنایع‌دستی و باستان‌شناسی دوران تاریخی و نقاشی ایرانی.

• دانشکده فنی و مهندسی: ۱۷ رشته شامل مهندسی شیمی (داروسازی)، مکانیک (طراحی کاربردی)، ایمنی و محیط‌زیست، کامپیوتر (نرم‌افزار، علوم داده، هوش مصنوعی، رباتیک)، فناوری اطلاعات (تجارت الکترونیکی)، برق (سیستم‌های قدرت، الکترونیک دیجیتال)، صنایع (تولید و خدمات، لجستیک، مالی، مدیریت مهندسی)، عمران (سازه، زلزله، ژئوتکنیک، مدیریت ساخت)، برق – الکترونیک قدرت و ماشین‌های الکتریکی.

• دانشکده علوم‌انسانی: ۱۲ رشته شامل حسابداری، مدیریت کسب‌وکار (استراتژی، رفتار سازمانی و منابع انسانی)، مدیریت صنعتی (مدیریت پروژه)، روان‌شناسی (بالینی، بالینی خانواده)، آموزش منابع انسانی، مدیریت آموزش عالی، مطالعات فرهنگی، مدیریت ورزشی (بازاریابی و ارتباطات)، مدیریت آموزشی، مدیریت فرهنگی (برنامه‌ریزی فرهنگی).

• دانشکده حقوق: ۶ رشته شامل حقوق خصوصی، حقوق کیفری و جرم‌شناسی، تجارت الکترونیکی، نفت و گاز، پزشکی و حقوق عمومی.

• دانشکده گردشگری: ۴ رشته شامل کارآفرینی گردشگری، مدیریت جهانگردی (بازاریابی، برنامه‌ریزی توسعه)، ایران‌شناسی (فرهنگ مردم، آداب‌ورسوم، میراث‌فرهنگی).

• دانشکده علوم و فناوری‌های نوین زیستی: ۹ رشته شامل زیست‌شناسی سلولی و مولکولی، جانوری تکوینی، زیست‌فناوری میکروبی، فناوری سلول‌های بنیادی، میکروبیولوژی، ژنتیک، بیوشیمی، بیوانفورماتیک و شیمی (گرایش یتوشیمی). برخی از این رشته‌ها با همکاری پژوهشگاه رویان ارائه می‌شوند.